多食鞘氨醇桿菌保存方法：
傳代保存法：培養基的濃度不宜過高，營養成分不宜過于豐富，尤其是碳水化合物的濃度應在可能的范圍內盡量降低。培養溫度通常以稍低于最適生長溫度為好。若為產酸菌種，則應在培養基中添加少量碳酸鈣 [3] 。
液體石蠟覆蓋保存法：該法較前一種方法保存菌種的時間更長，適用于霉菌、酵母菌、放線菌及需氧細菌等的保存。
懸液保存法：
① 蒸餾水保存法：適用于霉菌、酵母菌及絕大部分放線菌，將其菌體懸浮于蒸餾水中即可在室溫下保存數年。本法應注意避免水分的蒸發。
② 糖液保存法：適用于酵母菌，如將其菌體懸浮于10%的蔗糖溶液中，然后于冷暗處保存，可長達10年。除此之外，也可使用緩沖液或食鹽水等進行保存。
載體保存法：①土壤保存法；②砂土保存法；③硅膠保存法；④磁珠保存法；⑤麩皮保存法；⑥紙片(濾紙)保存法。
常用的冷凍保存法：
① 低溫冰箱保存法(-20℃、-50℃或-85℃)：低溫冷凍保存時使用螺旋口試管較為方便，也可在棉塞試管外包裹塑料薄膜。保存時菌液加量不宜過多，有些可添加保護劑。此外，也可用φ5mm的玻璃珠來吸附菌液，然后把玻璃珠置于塑料容器內，再放入低溫冰箱內進行保存的。
② 干冰保存法(-70℃左右)：即將菌種管插入干冰內，再置于冰箱內進行冷凍保存。
③ 液氮保存法(-196℃)：是適用范圍最廣的微生物保存法。
