巨噬細胞廣泛分布于各種組織。如前文所述，不同組織的巨噬細胞來源并不相同，一部分來自胚胎卵黃囊和胎肝，另一部分來自后期的單核細胞分化。事實上，關于巨噬細胞的功能和來源，正處在非常前沿的研究過程中，這部分的認知也在不斷刷新。
巨噬細胞作為固有免疫中的重要細胞組分，能對入侵病原體做出反應，吞噬和消化病原體，也可以參與清除受損、衰老的細胞，通過抗原提呈參與激發適應性免疫。但是巨噬細胞除了在對抗疾病中發揮作用外，也與慢性疾病（包括動脈粥樣硬化、哮喘、炎癥性腸病、關節炎等）、自身免疫性疾病（包括類風濕性關節炎、多發性硬化癥）、糖尿病、腫瘤的發生發展相關。
巨噬細胞根據其所處部位，可以將巨噬細胞分為小膠質細胞、肝臟Kupffer細胞、肺泡巨噬細胞、腎臟系膜細胞、破骨細胞、脾臟紅髓巨噬細胞、脂肪組織相關巨噬細胞等。它們除了執行吞噬和免疫防疫功能外，也參與組織重塑和維持組織穩態。此外，它們可能在不同的組織中執行特定的功能，例如小膠質細胞在腦組織中發揮免疫監視、清除死亡神經元、突觸重塑的功能，破骨細胞從骨基質中吸收有機物和礦物質，脾臟中的紅髓巨噬細胞能清除衰老的紅細胞、調節鐵代謝等。
